De kleurdiepte van een scanner geeft aan hoeveel kleuren de scanner kan onderscheiden. De kleurdiepte wordt aangegeven in bits. Zo staat 24 bits gelijk aan 17 miljoen kleuren. Hoewel het menselijk oog en vele afbeeldingsbestanden niet meer dan 24 bits kunnen onderscheiden, is de huidige norm 36 bits. De overcapaciteit wordt gebruikt om de optische dichtheid en dus de beeldkwaliteit te verbeteren. Scanners die niet in staat zijn kleuren te scannen (ofwel monochrome scanners) hebben een kleurdiepte van 8 bits. Dit betekent dat ze 256 grijstinten kunnen onderscheiden.